集菌仪大多数都用在对无菌药品、大输液等产品做无菌检测。它经过蠕动泵的效果，使待检样品经过集菌培育器，完成过滤和集菌的功用。

　　薄膜过滤器则更侧重于对液体中的微粒和微生物进行过滤和截留，以到达别离和净化的意图。

　　薄膜过滤器运用场景规模较广，不仅在制药范畴，还在食物、化妆品、环境监督测定等范畴用于水样、溶液等的过滤和剖析。

　　集菌仪常常要合作专用的集菌培育器运用，操作相对较为杂乱，对操作人员的技术要求较高。

　　例如，在制药厂对一批新出产的抗生素进行无菌检测时，会运用集菌仪来保证药品中没有微生物污染。而在环境监督测定实验室对水样中的杂质和微生物进行开始筛查时，可能会挑选薄膜过滤器来快速过滤水样。